19 iyun 1958-ci ildə Masallı rayonunda anadan olmuşdur. 1965-ci ildə Saatlı rayonunda orta məktəbə getmişdir. Bir ildən sonra ailəsi Cəlilabad rayonuna köçdüyündən, orta təhsilini buradakı 2 saylı orta məktəbdə davam etdirmişdir. Orta təhsilini 1975-ci ildə Qubadlı rayonunda başa vurmuşdur. Səfa hələ orta məktəbdə oxuyarkən təyyarəçi olmaq arzusu ilə yaşayırdı. Bu arzu onu Bakı Aeroportuna gətirib çıxardı. Bir il burada çalışdıqdan sonra Orenburq Mülki Aviasiya Məktəbinə daxil oldu. 1979-cu ildə həmin məktəbi bitirib Vətənə qayıtdı. Onu Yevlax Aeroportunda AN-2 təyyarəsinin pilotu təyin etdilər. Lakin Səfa öz təhsilini bununla yekunlaşdırmadı. Sonra Kiyev Ali Mülki Təyyarəçilər İnstitutunun qiyabi şöbəsi... O, 1987-ci ildə Riqaya köçmüş, gəmi tərsanəsində mühəndis işləməklə bərabər texnikumda müəllimlik də etmişdir. Qarabağ hadisələri başlananda bütün qeyrətli Azərbaycan oğulları kimi onun da dincliyi pozulur. O, gecə-gündüz Azərbaycanın müstəqilliyi, ərazi bütövlüyü barədə düşünürdü. Səfa Azərbaycan həqiqətlərini dünya ictimaiyyətinə çatdırmaq üçün Latviyada ilk dəfə olaraq azərbaycanlılan öz ətrafında birləşdirən “Azəri” cəmiyyəti yaradır. Cəmiyyətin fəaliyyət dairəsi getdikcə genişlənirdi. Səfa Latviyanı qarış-qarış gəzib, buradakı həmvətənlərini həmin cəmiyyətdə birləşməyə səsləyirdi. Cəmiyyətin genişlənməsi nəticəsində azərbaycanlılar Latviya Seymində 3 deputat yeri qazandılar. Bir müddətdən sonra Latviyada bütün müsəlmanları birləşdirən “Müsəlman” Liqasını yaratmağa nail olurlar. Liqa bütün müsəlmanların həyatında böyük rol oynayır, Riqada olan qədim məscidləri təmir edir, kasıblara yaxından köməklik göstərirdi. Sovet imperiyasının ikiüzlü siyasəti Azərbaycanın vəziyyətini günbəgün çətinləşdirirdi. Erməni quldurları bu siyasətdən istifadə edərək Azərbaycanın yaşayış məntəqələrinə tez-tez basqın edirdilər. Ermənilərin azğın hərəkətləri Səfanı Vətənə dönməyə sövq etdi. O, 1989-cu ildə Bakıya qayıdaraq Zabrat “Azal-aero” Aviaşirkətinə məxsus Mİ-8 vertolyotuna 2-ci pilot təyin olundu. Səfa Bakı-Ağdam marşrutu ilə uçurdu. Onun ürəyi düşmənə nifrət, doğma xalqına məhəbbət və sədaqət hissi ilə döyünürdü. O, 1992-ci il yanvarın 28-də Şuşaya iki uğurlu uçuş etdi. O, yenidən səmaya qalxdı. Artıq Şuşaya yaxınlaşırdı. Elə bu zaman Xankəndi istiqamətindən atılan raket vertolyotu parçaladı. Vertolyotu idarə edən üç heyət üzvü və 47 nəfər sərnişin faciəli surətdə həlak oldu. Evli idi. İki oğlu həyatda yadigar qalıb. Azərbaycan Respublikası prezidentinin 25 noyabr 1992-ci il tarixli 337 saylı fərmanı ilə Axundov Səfa Fətulla oğluna ölümündən sonra “Azərbaycanın Milli Qəhrəmanı” adı verilmişdir. Bakının Şəhidlər xiyabanında dəfn edilib. Cəlilabad şəhərinin mərkəzində büstü qoyulmuş, rayon mədəniyyət evinə və şəhərin küçələrindən birinə onun adı verilmişdir.